Die katholische Universitäts- und Marktkirche St. Franz Xaver liegt in der Paderborner Innenstadt. An die ehemalige Jesuitenkirche schließen sich im Osten die ehemaligen Kolleggebäude an, die heute als Städtisches Gymnasium Theodorianum und Theologische Fakultät genutzt werden. Das Kolleg wurde 1585 gegründet, mehrfach umgebaut und stammt in seinen ältesten Teilen aus den Jahren 1596-1605. Im Jahr 1773 wurde der Orden aufgehoben.

Im Zweiten Weltkrieg wurde St. Franz Xaver stark zerstört und schließlich 1948-60 rekonstruiert und wieder aufgebaut.
Die barocke Emporenbasilika wurde 1682-92, angelehnt an die Kölner Jesuitenkirche St. Mariä Himmelfahrt, vom Jesuitenbruder Anton Hülse gebaut.

Der, nach Süden ausgerichtete Baukörper setzt sich aus einem Langhaus von sechs Jochen Länge und einem dreijochigen Chor mit einer umlaufenden zweigeschossigen Sakristei zusammen. An den Ecken des Langhauses sind in turmähnlichen Anbauten die Aufgänge zur Empore untergebracht.

Der weiß verputzte Außenbau ist mit Sandstein untergliedert, wobei der breiten Nordfassade ein Vorhof, der 1709-14 nach Entwurf des Jesuitenbruders Martin Iber angelegt wurde, vorgelagert ist. Die Fassade ist aufwändig mit Pilastern, einem verkröpften Gesims, Rund- und Rundbogenfenstern gegliedert sowie von einem Dreiecksgiebel mit Christusmonogramm bekrönt. Als Ädikula ausgebildet zeigt sich das Hauptportal mit korinthischen Säulen, auf denen ein Segmentbogengiebel mit Stifterinschrift ruht. Darüber ist ein Wappen angebracht.

Der Innenraum beeindruckt durch hohe Säulen und die umlaufende Empore mit ihrer Balustrade auf Rundbogenarkaden. Das Mittelschiff und die Fenstergewände wurden 1689 mit barockem Stuck versehen.

Der kreuzrippengewölbte Sakralraum verfügte ursprünglich über eine reiche, einheitliche Ausstattung und gibt heute wieder den Blick auf den barocken Hochaltar (1694-96), der in den Jahren 1989-2003 rekonstruiert werden konnte, frei. An der westlichen Mittelschiffwand befindet sich eine barocke Kanzel mit Figuren und Reliefs, die 1704 vom Paderborner Bildhauer Heinrich Gröne geschnitzt wurde.