1415 durch Heinrich von Ledebur angelegt, wurde die Burganlage von Gut Bustedt 1476 ausgebaut und um den Nordflügel ergänzt. 1662 wurde der Neubau des Ostflügels sowie ein umfassender Umbau, bei dem die Anlage vereinheitlicht wurde, vollendet. Nachdem man die Binnengräfte zugeschüttet hatte, wurde um 1800 der quadratische Hof mit seinen Eckpavillons angelegt.
Eine Steinbogenbrücke führt über die Gräfte von der Vorburg zur Hauptburg. Dort befindet sich das ehemalige Herrenhaus, das sich aus einer Zweiflügelanlage und einem turmartigen Kopfbau von dreieinhalb Geschossen Höhe zusammensetzt.
Der schlichte Außenbau besteht aus verputztem Bruchstein; die Fenster sind mit Werkstein eingefasst und der Kopfbau mit einer Eckgliederung betont. Über der Durchfahrt zur Hauptburg ist das Wappen der Familien von Ledebur und von Eller, die seit 1649 ihren Sitz auf Gut Bustedt hatten, angebracht.
Auf der rechten Seite der Durchfahrt befindet sich ein kreuzgratgewölbter Raum, die sogenannte Kapelle. In den Geschossen darüber liegen klassizistisch gestaltete Räume, die 1799 mit Wandmalereien versehen und 1985-89 restauriert wurden.
Die Wasserburg Gut Bustedt in Hiddenhausen wird seit ihrer Sanierung im Jahr 1982 als Biologiezentrum genutzt.