Die Geschichte der Pfarrkirche St. Christophorus reicht bis ins frühe Mittelalter zurück. Vermutlich wurde bereits um 803 eine erste hölzerne Kapelle auf einer Anhöhe über der Horne errichtet, möglicherweise durch den heiligen Liudger, den ersten Bischof von Münster. Diese Kapelle bildete den Ursprung der späteren Siedlung Werne.

Bei Renovierungsarbeiten in den 1990er Jahren wurden Mauerreste eines dreischiffigen romanischen Vorgängerbaus entdeckt, dessen Fundamente vor dem Jahr 1000 errichtet wurden. Dieser romanische Bau besaß zunächst einen halbrunden, später einen rechteckigen Chorabschluss. Die Außenmauern dieser Kirche dienten als Fundament für den späteren Westteil der heutigen Kirche

Nach dem Einsturz des Kirchturms – vermutlich infolge von Kampfhandlungen während der Soester Fehde – begann ab 1446 der Neubau des Westteils der Kirche unter Leitung des Baumeisters Roseer, der auch am Bau der Dortmunder Reinoldikirche beteiligt war.

Der Ostteil mit dem Chorabschluss wurde ab 1507 neu errichtet, nachdem der ältere Ostteil abgebrochen worden war. Die beiden Bauphasen sind bis heute deutlich ablesbar: Der ältere Westteil ist durch stämmige, viereckige Pfeiler geprägt, während der jüngere Ostteil vier schlanke, runde Säulen aufweist. Auch die Gewölbeformen unterscheiden sich: Im Westteil sind Sterngewölbe erhalten, im Ostteil Kreuzrippengewölbe. Der Wechsel der Gewölbe führte zu einer ungewöhnlichen Gestaltung der Kapitelle zwischen den Bauabschnitten

Um 1555 wurde die spätmittelalterliche Bautätigkeit mit dem Aufsatz eines kleinen Turms abgeschlossen. Der heute sichtbare, über 70 Meter hohe neogotische Turm wurde um 1900 errichtet und prägt das Stadtbild von Werne bis heute.

Teile der spätmittelalterlichen Ausstattung sind erhalten geblieben, ergänzt durch Kunstwerke aus dem 19. und 20. Jahrhundert. Die Kirche ist ein bedeutendes Beispiel für die Entwicklung von der romanischen Basilika zur gotischen Hallenkirche mit späteren neogotischen und modernen Ergänzungen.

1999 erhielt die gotische Hallenkirche einen modernen Sakristeianbau nach Plänen von Stephan Böhm, der sich architektonisch bewusst vom historischen Bau absetzt. Dieser soll jedoch in 2025 abgerissen und durch einen Neubau ersetzt werden.