Das genaue Baujahr der einschiffigen gotischen Hallenkirche mit polygonalen Chören, Westturm und Kreuzrippengewölbe ist unbekannt. 1260 wird sie das erste Mal in den Aufzeichnungen über Lippstadt beschrieben.
Durch den Dreißigjährigen und den Siebenjährigen Krieg wurde das Gotteshaus schwer beschädigt, da es als Lagerraum für die Besatzer umfunktioniert wurde. Durch eine Explosion eines Pulverfasses wurden sogar Teile des Daches zertrümmert und das Gewölbe stürzte teilweise ein. Zunächst sollte die Kirche abgerissen werden, da sie inzwischen baufällig und aufgrund fehlender Mitgliederzahlen nicht mehr benötigt wurde. Doch 1836 setzte sich die Gemeinde gegen die Kirchenbehörde und die Regierung durch, so dass die Kirche saniert werden konnte.
Auch 2004 stand die Jakobikirche erneut vor der Zusammenlegung mit einer anderen Kirchengemeinde und somit vor einer Schließung der Kirche. Sie sollte in ein Privatmuseum umgewandelt werden. Jedoch schafft es die Gemeinde erneut ein Konzept zur Erhaltung auszuarbeiten, denn der Kirchenraum wird seit 2005 auch als Veranstaltungsraum genutzt.