Die ehemalige katholische Pfarrkirche St. Kolumba, die zu den ältesten und größten Kölner Pfarrkirchen zählte, wurde im Zweiten Weltkrieg bis auf die Umfassungsmauern zerstört. Übrig geblieben sind ein Teil der Außenmauern, das Turmuntergeschoss und der Vorraum der Pfarrkirche.
Die Kapelle Madonna in den Trümmern wurde 1949/50 aus Kriegstrümmern nach einem Entwurf von Gottfried Böhm erbaut und 1950 geweiht. Die Sakramentskapelle wurde einige Jahre später (1956/57) ergänzt; dabei wurden ruinöse Fragmente im Nordwesten entfernt.
Böhm widmete die Kapelle der erhaltenen spätgotischen Pfeilermadonna, eine lebensgroße Marienfigur (1460-70) mit Podest und Baldachin, auch „Trümmermadonna“ genannt.

Seit 2003 ist der Baukörper in das Erzbischöfliche Diözesanmuseum Kolumba (nach einem Entwurf von Peter Zumthor) integriert und Kapelle sowie Boden- und Baudenkmale der zerstörten Kolumbakirche werden seither von den Museumsmauern ummantelt.

Bei St. Kolumba handelt es sich um eine dreischiffige Emporenbasilika des 12. Jahrhunderts mit drei Vorgängerbauten sowie späteren Umbauten und Erweiterungen zu einem fünfschiffigen Baukörper, der Emporenbasilika und Hallenkirche in sich vereinte.
Die alte, von Bomben beschädigte Bausubstanz wurde in den Neubau einbezogen: Das Erdgeschoss des zerstörten Turmes der alten Kolumbakirche wurde als Langhaus in die neue Kapelle Madonna in den Trümmern integriert.
Die Kapelle zeigt sich als eingeschossiges Gebäude mit einem östlich anschließenden unregelmäßigen Polygonalbau mit einem Pyramidendach in Stahlbetonskelettbauweise. Sie wird von Süden durch die Rundbogenarkade des Turms erschlossen. Das Innere der Westteile der Marienkapelle ist zweijochig; die gotisierenden Bögen sind nach Norden zur Sakramentskapelle geöffnet und nach Süden vermauert.

Die Farbfenster mit Engelsdarstellungen schuf Ludwig Gies im Jahr 1954. Der Marmoraltar in der Sakramentskapelle wurde von Böhm entworfen. Die vier Säulen symbolisieren den Baum des Todes und den Baum des Lebens und flankieren das reich verzierte Tabernakel.