Der Ursprungsbau der ehemaligen Fransziskanerkirche St. Marien wurde von 1893 bis 1900 im neugotischen Stil nach Plänen von Karl Schellen errichtet. Nachdem die Kirche 1943 im Zweiten Weltkrieg zerstört wurde, ging der Auftrag für den Wiederaufbau, der in den Jahren 1952 bis 1958 erfolgte, an Emil Steffann. Dabei wurden die erhaltenen Teile und die Trümmer der alten Kirche in den Neubau integriert. Diese werden in den Unregelmäßigkeiten im Mauerwerk auch deutlich sichtbar. Mit dem Wiederaufbau der Kirche schloss Stefann an seine asketischen Sakralbauten an.

Die Kirche steht auf einem L-förmigen Grundriss, an den sich das Pfortenhaus schräg anschließt, womit der Bau in der Tradition der Winkelhakenkirche steht. Während sich der Laienraum im südlichen Flügel befindet, diente der nördliche Flügel als Chorraum für die Franziskaner. Abgeschlossen werden die Baukörper von Satteldächern und einem Kirchturm mit Pultdach und offenen Rundbogenfenstern. Verweise auf den neugotischen Ursprungsbau lassen sich noch erkennen. So weist die Kirche Strebepfeiler auf und wird von Maßwerkfenstern sowie einem großen Rundfenster im Giebel beleuchtet, das an eine Fensterrose erinnert. Gleichzeitig ist die Formensprache reduziert und klar gehalten. Typisch für Stefann ist die Verwendung von Sichtziegelmauerwerk, das sowohl die Gestaltung des Außenbaus als auch des Innenraums prägt.

Verputzte Wandflächen weist nur der ehemalige Mönchsbereich im Inneren auf. Der Eingangsbereich der Kirche befindet sich auf der südlichen Seite. Dort liegt über einer Vierachsigen Arkatur die Orgelempore. Gegliedert wird das Innere durch einen breiten Gurtbogen der den Blick zum Chorbereich im Osten freigibt. Besonders auffällig ist, dass der Altar nicht wie gewöhnlich in der Mitte des Chors platziert ist, sondern schräg und auf einem Podest leicht erhöht in der Ecke des Raumes steht. Darin lässt sich ein möglicher Bezug auf die Chapelle du Rosaire de Vence von Henri Matisse erkennen, bei der eine ähnliche schräge Anordnung in einer Ecke des Chorbereichs zu beobachten ist. Der Altarbereich wird durch zwei große Maßwerkfenster hinterfangen und lässt an der Decke einen freien Blick auf die Dachkonstruktion zu. Durch einen Lichtreif wird der Altar zusätzlich beleuchtet und hervorgehoben.

Heute wird die Kirche nicht mehr von den Franziskanern genutzt, sondern dient als Zentrum der katholischen Obdachlosenseelsorge im Stadtdekanat Köln.