1279 wird das Rathaus Paderborn erstmalig urkundlich erwähnt. Der Neubau des Rathauses, so wie er noch heute besteht, wurde im Zeitraum zwischen 1613 und 1620 von Hermann Baumhauer im Stil der Weserrenaissance errichtet. Er handelte auf Veranlassung des Bischofs Dietrich von Fürstenberg.
Das Besondere des prachtvollen Giebelhauses sind die zwei auf Säulen getragenen Hallen, die als Gerichtslauben dienten. Das Hauptgeschoss ist komplett mit Fenstern umgeben. Seit der Zeit des Neubaus bis heute wurde das Rathaus mehrfach renoviert und umgebaut. So in der Zeit von 1725 bis 1726. Zwischen 1870 und 1878 erfolgte ein Umbau im Inneren des Gebäudes. Im Krieg brannte das Rathaus nach einem Luftangriff bis auf seine Grundmauern nieder.
Der Wiederaufbau erfolgte zwischen 1947 und 1958. Heute finden in dem Gebäude Ratsversammlungen statt und es ist Stätte offizieller Empfänge. Die einzige Behörde im Rathaus ist das Standesamt.